Im Jahr 1979 wurde sein Visum nicht verlängert und er wurde aus der CSSR ausgewiesen.
Mit der Unterstützung der Vereinigung Frankreich-Kurdistan hat er ein Stipendium im Vorzeigeinstitut von Pasteur in Paris erhalten. Stattdessen ist er im März 1980 als humanitärer Mitarbeiter der Organisation Ärzte ohne Grenzen in das iranische und danach im Oktober in das irakische Kurdistan gefahren. Im November des selben Jahres hat ihm die türkische Regierung für sein Engagement den Reisepass abgenommen. Im Jahr 1981 wurde ihm in der BRD der Status des Flüchtlings zuerkannt, wo er mit der Amnesty International zusammenarbeitete. Zwei Jahre später wurde er einer der Gründungsmitglieder des Institut Kurde de Paris un dgleichzeitig des kurdischen Instituts in Bonn, dessen Direktor er bis 1988 war.
Im Jahr 1986 hat ihm die Türkei endgültig die Staatsbürgerschaft aberkannt.
Im Jahr 1989 hat er den ersten Konflikt mit dem Aussenhandelsbetrieb der CSSR gehabt.
Kurz nach der Samtrevolution ist er in die CSFR zurückgekehrt, wo er Ende 1990 eine Zweigstelle seiner Handelsgesellschaft gründete, und im Jahr 1993 hat er die Handelsindustrielle Gesellschaft (Tschechische Republik, BRD und die Türkei) gegründet.
In der Nacht vom 13. zum 14. September 1994 wurde Uzunoglu zusammen mit drei weiteren Kurden festgenommen und unter der persönlichen Leitung des Josef Opava (der später als Mitglied des sogenannten Berdych Gangs verurteilt wurde), bis zur Anklage fast drei Tage später (wobei die gesetzliche Frist von 24 Stunden überschritten wurde, also gegen das Gesetz) festgehalten wurde.
Am 16. September 1994 wurde Uzunoglu angeklagt. Laut der Pressenachricht des Detektivs Jiri Gregor, machte Uzunoglu Geschäfte mit „Waffen und Drogen“. Offiziell wurde er aber einen Monat später beschuldigt wegen „Foltern, Vorbereitung des dreifachen Mordes, unerlaubtem Waffenbesitz und des Betrugs bei der Geschäftstätigkeit“.
Bis zum 10. April 1995 wurde die Anklage bis auf das Foltern fallen gelassen. Das sollte Uzunoglu in der Nacht vom 8. zum 9. September an Otan Göksen begehen und am Abend des 13. September an weiteren zwei Personen (einschließlich seines eigenen Cousins).In beiden Fällen sollten Uzunoglu drei andere, festgenommene Personen assistieren, wovon einer von ihnen sein Neffe war, der aber schon am Nachmittag festgenommen wurde, also noch vor der angeblichen Folterung. Auch in dieser Form wurde die Anklage durch das Stadtgericht Prag nicht angenommen, die Entscheidung hat endgültig das Landgericht Prag am 14. Februar 1995 bestätigt.
Inzwischen wurde die 6 monatige U-Haft insgesamt 4 mal verländert, zuletzt durch das Höchste Gericht, weil die zulässige U-Haftdauer von 24 Monaten überschritten wurde. In der Zeit wurde er laut des damaligen Innenministers Jan Ruml auch gefoltert.
Im Jahr 1996 hat er die deutsche Staatsangehörigkeit erworben, noch in der Sicherheitszelle der U-Haftanstalt Prag Ruzyne.
Am 12. März wurde Uzunoglu aus der Haft entlassen und hat sofort eine Anzeige gegen Jiri Gregor wegen „Verleumdung und nicht wahrheitsgemässer Pressenachricht an die Tschechische Presseagentur“. Im Mai reiste er in die Türkei, um seine Familie zu besuchen, wo ihm im Juni die Ausreise verweigert wurde.
In der Zeit wurde weiter gegen ihn ermittelt, wegen angeblicher Freiheitsberaubung und Folterung des türkischen Migranten und Geschäftsmannes Otan Göksen. Dieser Name wurde vom Angeklagten während des Prozesses als falsch entlarvt und der jenige hat zugegeben, dass er in Prag schon seit den 80. er Jahren lebt mit einem falschen Pass. Er behauptete, dass er Gurkan Gönen heisst, wobei auch die Echtheit dieser Identität wurde vom Angeklagten angezweifelt. Laut des Inspektionsberichtes des Innenministeriums hat Göksen/Gönen als Agent direkt unter Hauptmann Horak gearbeitet, der die Verhaftung führte. Er war auch ein langjähriger Mitarbeiter der Staatssicherheit.
Nach der Rückkehr in die Tschechische Republik gibt er Tips zur Strafverfolgung von den Angehörigen der Polizei, Mitarbeitern der Staatsanwaltschaft und anderen. Auf seinem Web schreibt er auch, dass sein Haus angezündet wurde, seine Fahrzeuge wurden zerstört und dass er weitermacht, um seinen Namen reinzuwaschen.
Am 18. Januar 2000 wurde die zweite Anklage erstattet, im Prinzip identisch mit der von 1995.
Am 15. Januar 2003 wurde der Fall vom Justizministerium an die Türkei übergeben.
Am 01. September 2003 wurde der Fall wieder zurück an die Tschechische Republik übergeben.
Am 25. September 2003 wurde das Verfahren wegen einer nicht angemessenen Verfahrenslänge eingestellt. Dagegen hat die Staatsanwaltschaft und Uzunoglu den Widerspruch eingelegt, der einen Freispruch verlangte.
Am 03. März wurde ein offener Brief „wir klagen an“ veröffentlicht, den bedeutende Persönlichkeiten des öffentlichen Lebens unterschrieben, konkret: Pavel Dostal, Tana Fischerova, Frantisek Janouch, Karel Jech, Kveta Jechova, Svatopluk Karasek, Jaroslav Koran, Dana Nemcova, Karel Schwarzenberg, Jirina Siklova, Venek Silhal, Libuse Silhanova, Jaromir Stetina, Petruska Sustrova.
Im April 2006 erhiel er den Preis von Frantisek Kriegl der Stiftung Charta 77 für den langjährigen und unbeugsamen Kampf und menschliche Würde sowohl während des kommunistischen Regimes (beendet durch seine Ausweisung im Jahr 1979), als auch nach November 1989, wo er im Jahr 1994 verhaftet wurde und ganze 31 Monate in Haft blieb und schon seit fast 12 Jahren von der Postnovemberjustiz einen gerechten Prozess und die Bereinigung seines Namens anstrebt.
Im März 2007 hat Uzunoglu einen Hungerstreik als Protest gegen den schleppenden Prozess angefangen, den er nach 11 Tagen beendete. Durch einen eintägigen Hungerstreik hat ihn eine ganze Reihe Personen unterstützt, einschließlich des ehemaligen Präsidenten Vaclav Havel.
Am 29.03.2007 hat das Bezirksgericht für Prag 4 Uzunoglu wegen Folterung und Erpressung eines Ausländers (Gurkan Gönen) zu einer Bewährungsstrafe von zwei Jahren verurteilt (Bewährungszeit 5 Jahre), die weitere Anklage wegen Folterung weiterer zwei Ausländer wurde fallen gelassen. Seine zwei Mitangeklagten wurden in Abwesenheit zu 10 Jahren Ausweisung angeklagt. Uzunoglu hat die Gerichtsentscheidung als faschistoid bezeichnet und hat einen Widerspruch eingelegt. Befürchtungen um einen fairen Prozess hegte auch laut der Presse auch die internationale Organisation Amnesty International.
Am 31.07.2007 hat das Prager Stadtgericht Uzunoglu freigesprochen und das Urteil des Bezirksgerichts für Prag 4 vom 29. März 2007 aufgehoben.
In der Gegenwart führt er mit unterschiedlicher Erfolgsrate Gerichtsverhandlungen, in denen er eine Entschädigung, Ersatz für entgangene Geschäfte und eine Entschuldigung seitens der verantwortlichen Personen.